بر اساس رتبه بندی پایگاه استنادی علوم جهان اسلام ISC ، این مراکز در معیار پژوهش با شاخص های کیفیت، کارایی، حجم، نرخ رشد کیفیت، نرخ رشد کارایی و ... مورد ارزیابی قرار گرفته اند.
در معیار آموزش نیز شاخص های اعضای هیأت علمی دارای جایزه، اساتید پراستناد، نسبت اعضای هیأت علمی دارای مدرک Ph.D به کل اعضای هیأت علمی، فارغ التحصیلانی که جایزه گرفته‌اند، فارغ التحصیلان پر استناد، نسبت اعضای هیأت علمی به دانشجو، نسبت دانشجویان تحصیلات تکمیلی به کل دانشجویان، دانشجویان دارای جایزه در المپیادهای بین‌المللی در نظر گرفته شده است.
معیار وجهه بین المللی نیز با شاخص هایی از جمله نسبت اعضای هیأت علمی بین‌المللی به کل اعضای هیأت علمی، نسبت دانشجویان بین‌المللی به کل دانشجویان، نسبت اعضای هیأت علمی دارای مدرک Ph.D.خارجی(دکتری خارجی) به کل اعضای هیأت علمی دارای مدرک Ph.D. (دکتری)، کنفرانس های بین المللی و همکاری های بین المللی بررسی شده است.
معیار تسهیلات(امکانات) شامل شاخص های سرانه تعداد عناوین کتاب به ازای هر دانشجو و تعداد مؤسسات/مراکز تحقیقاتی دانشگاه و همچنین معیار فعالیت اجتماعی- اقتصادی نیز شامل شاخص های تعداد مؤسسات و شرکت ها و تعداد مراکز رشد (به صورت مستقل یا در درون پارک‌های علم و فناوری) بوده است.
به گزارش مهر، دانشگاههای نامبرده در جدول زیر شامل دانشگاههای جامع می شوند و دانشگاههایی را که تنها در یک گروه مانند صنعتی، هنر و ... فعالیت می کنند در بر نمی گیرد.
| رتبه | دانشگاه جامع | نمره کل از ۱۰۰ | شاخص پژوهشی از ۱۰۰ |
| ۱ | دانشگاه تهران | ۱۰۰ | ۱۰۰ |
| ۲ | دانشگاه تربیت مدرس | ۹۹.۸۵ | ۹۹.۸۵ |
| ۳ | دانشگاه شیراز | ۹۸.۱۴ | ۹۸.۱۲ |
| ۴ | دانشگاه فردوسی مشهد | ۹۴.۴۶ | ۹۴.۴۲ |
| ۵ | دانشگاه شهید بهشتی | ۹۰.۱۵ | ۹۰.۲۱ |
| ۶ | دانشگاه تبریز | ۸۶.۵۸ | ۸۶.۵۹ |
| ۷ | دانشگاه اصفهان | ۷۲.۵۲ | ۷۲.۴۷ |
| ۸ | دانشگاه گیلان | ۶۹.۳۷ | ۶۹.۱۷ |
| ۹ | دانشگاه شهید باهنر کرمان | ۶۵.۷۸ | ۶۵.۹ |
| ۱۰ | دانشگاه پیام نور | ۶۴.۹۶ | ۶۴.۴۹ |
| ۱۱ | دانشگاه بوعلی سینا | ۶۴.۲۳ | ۶۴.۲۱ |
| ۱۲ | دانشگاه رازی | ۶۳.۴۱ | ۶۳.۴۲ |
| ۱۳ | دانشگاه ارومیه | ۵۸.۶۳ | ۵۸.۶۸ |
| ۱۴ | دانشگاه مازندران | ۵۵.۶۶ | ۵۵.۷۴ |
دانشگاه هایی که نمره ای برای آنها در نظر گرفته نشده است به ترتیب از رتبه ۱۴ تا ۵۶ رتبه بندی شده اند.
| رتبه | دانشگاه یا موسسه تحقیقاتی | رتبه | دانشگاه یا موسسه تحقیقاتی | رتبه | دانشگاه یا موسسه تحقیقاتی |
| ۱۵ | دانشگاه کاشان | ۲۹ | دانشگاه شهرکرد | ۴۳ | دانشگاه هرمزگان |
| ۱۶ | دانشگاه شهید چمران اهواز | ۳۰ | دانشگاه الزهرا (س) | ۴۴ | دانشگاه گلستان |
| ۱۷ | دانشگاه یزد | ۳۱ | دانشگاه تحصیلات تکمیلی در علوم پایه زنجان | ۴۵ | دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان |
| ۱۸ | دانشگاه شاهرود | ۳۲ | دانشگاه بین المللی امام خمینی (ره) | ۴۶ | دانشگاه قم |
| ۱۹ | دانشگاه سمنان | ۳۳ | دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان | ۴۷ | دانشگاه تفرش |
| ۲۰ | دانشگاه زنجان | ۳۴ | دانشگاه دامغان | ۴۸ | دانشگاه ولی عصر(عج) رفسنجان |
| ۲۱ | دانشگاه سیستان و بلوچستان | ۳۵ | دانشگاه بیرجند | ۴۹ | دانشگاه علم و فرهنگ |
| ۲۲ | دانشگاه اراک | ۳۶ | دانشگاه لرستان | ۵۰ | دانشگاه دریانوردی و علوم دریایی چابهار |
| ۲۳ | دانشگاه محقق اردبیلی | ۳۷ | دانشگاه خلیج فارس | ۵۱ | دانشگاه امام صادق (ع) |
| ۲۴ | دانشگاه خوارزمی | ۳۸ | دانشگاه تربیت دبیر شهید رجائی | ۵۲ | دانشگاه بین المللی امام رضا(ع) |
| ۲۵ | دانشگاه کردستان | ۳۹ | دانشگاه مراغه | ۵۳ | دانشگاه جهرم |
| ۲۶ | دانشگاه شاهد | ۴۰ | دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری | ۵۴ | دانشگاه اردکان |
| ۲۷ | دانشگاه شهید مدنی آذربایجان | ۴۱ | دانشگاه ایلام | ۵۵ | دانشگاه افسری امام علی (ع) |
| ۲۸ | دانشگاه یاسوج | ۴۲ | دانشگاه حکیم سبزواری | ۵۶ | دانشگاه حضرت معصومه (س) |